Misją Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku jest stworzenie nowoczesnej placówki, w której opowiedziana zostanie historia wojny jako największego kataklizmu XX wieku.
Jednym z głównych celów Muzeum jest pokazanie światu doświadczenia wojennego Polski i innych krajów Europy Środkowo-Wschodniej, pod wieloma względami odmiennego i mało znanego w Europie Zachodniej i w krajach pozaeuropejskich. Zasadniczy nacisk w narracji historycznej zostanie położony na losy jednostek, społeczności i narodów.