Agencja zapewnia dane i opinie naukowe dotyczące nadzoru nad 52 chorobami zakaźnymi podlegającymi obowiązkowi zgłaszania, ogniskami chorób oraz zagrożeniami dla zdrowia publicznego. Działalność agencji opiera się na doświadczeniu i wiedzy specjalistycznej ekspertów oraz przedstawicieli ogólnoeuropejskich sieci ds. chorób i krajowych organów ds. zdrowia publicznego.