Misją Wspólnego Centrum Badawczego jest zapewnienie naukowego i technicznego wsparcia dla rozwoju, monitorowania i wdrażania nowych koncepcji w polityce UE. Służy kształtowaniu wspólnej polityki UE przy jednoczesnym zachowaniu niezależności interesów państwowych. WCB stanowi również centrum referencyjne w dziedzinie nauki i techniki UE.