Agencja powstała jako niezależny organ w celu wspierania integracji i ukończenia tworzenia europejskiego wewnętrznego rynku energii dla energii elektrycznej i energii naturalnej. ACER jest jedną ze zdecentralizowanych agencji UE, która pomaga instytucjom UE i państwom członkowskim we wdrażaniu polityki i podejmowaniu decyzji.