Do głównych celów Fundacji należy wspieranie rozwoju kultury i nauki chrześcijańskiej oraz chrześcijańskich mediów w Polsce; podnoszenie szans edukacyjnych młodzieży z małych miast i wsi oraz upowszechnianie nauczania Papieża Jana Pawła II.
Fundacja „Dzieło Nowego Tysiąclecia” organizuje Dzień Papieski, przyznaje nagrody TOTUS, prowadzi program stypendialny dla młodzieży w wieku szkolnym, organizuje Konkurs Akademicki o indeks na studia dziennikarskie i polityki społecznej.