Celem działania Agencji jest realizacja programów rozwoju gospodarki, wspierających działalność innowacyjną i badawczą małych i średnich przedsiębiorstw (MŚP), rozwój regionalny, wzrost eksportu, rozwój zasobów ludzkich oraz wykorzystywanie nowych technologii w działalności gospodarczej.
PARP jest zaangażowana w realizację krajowych i międzynarodowych przedsięwzięć, finansowanych ze środków funduszy strukturalnych, budżetu państwa oraz programów wieloletnich Komisji Europejskiej. PARP bierze aktywny udział w tworzeniu i efektywnym wdrażaniu polityki państwa w zakresie przedsiębiorczości, innowacyjności i adaptacyjności kadr, dążąc do przekształcenia się w kluczową instytucję odpowiedzialną za tworzenie otoczenia wspierającego przedsiębiorców. Zgodnie z zasadą „Think Small First" - „MSP przede wszystkim" wszystkie działania Agencji są realizowane ze szczególnym uwzględnieniem potrzeb sektora MSP.